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getFullDesign is used to generate the design matrix for linear regression with ABCs.

Usage

getFullDesign(formula, data, center = TRUE)

Arguments

formula

an object of class "formula()" (or one that can be coerced to that class); a symbolic description of the model to be fitted.

data

an optional data frame (or object coercible by as.data.frame to a data frame) containing the variables in the model.

center

Boolean, whether to center continuous predictors. TRUE by default for lmabc.

Details

The full design matrix is similar to the design matrix in standard linear regression. However, instead of removing one level from each categorical variable, getFullDesign retains all levels by manipulating contrast matrices.

The full design matrix is used with the constraint matrix from getConstraints() to fit a model with the ABCs.

This method is called by lmabc(). This method is useful for implementing additional variations of the ABCs.

Value

getFullDesign returns a matrix representing the full design matrix for a particular regression model.

See also

lmabc() for a use case of getFullDesign.

Examples

# full design matrix
getFullDesign(Sepal.Length ~ Petal.Length + Species + Petal.Length*Species, data = iris)
#>     (Intercept) Petal.Length Speciessetosa Speciesversicolor Speciesvirginica
#> 1             1       -2.358             1                 0                0
#> 2             1       -2.358             1                 0                0
#> 3             1       -2.458             1                 0                0
#> 4             1       -2.258             1                 0                0
#> 5             1       -2.358             1                 0                0
#> 6             1       -2.058             1                 0                0
#> 7             1       -2.358             1                 0                0
#> 8             1       -2.258             1                 0                0
#> 9             1       -2.358             1                 0                0
#> 10            1       -2.258             1                 0                0
#> 11            1       -2.258             1                 0                0
#> 12            1       -2.158             1                 0                0
#> 13            1       -2.358             1                 0                0
#> 14            1       -2.658             1                 0                0
#> 15            1       -2.558             1                 0                0
#> 16            1       -2.258             1                 0                0
#> 17            1       -2.458             1                 0                0
#> 18            1       -2.358             1                 0                0
#> 19            1       -2.058             1                 0                0
#> 20            1       -2.258             1                 0                0
#> 21            1       -2.058             1                 0                0
#> 22            1       -2.258             1                 0                0
#> 23            1       -2.758             1                 0                0
#> 24            1       -2.058             1                 0                0
#> 25            1       -1.858             1                 0                0
#> 26            1       -2.158             1                 0                0
#> 27            1       -2.158             1                 0                0
#> 28            1       -2.258             1                 0                0
#> 29            1       -2.358             1                 0                0
#> 30            1       -2.158             1                 0                0
#> 31            1       -2.158             1                 0                0
#> 32            1       -2.258             1                 0                0
#> 33            1       -2.258             1                 0                0
#> 34            1       -2.358             1                 0                0
#> 35            1       -2.258             1                 0                0
#> 36            1       -2.558             1                 0                0
#> 37            1       -2.458             1                 0                0
#> 38            1       -2.358             1                 0                0
#> 39            1       -2.458             1                 0                0
#> 40            1       -2.258             1                 0                0
#> 41            1       -2.458             1                 0                0
#> 42            1       -2.458             1                 0                0
#> 43            1       -2.458             1                 0                0
#> 44            1       -2.158             1                 0                0
#> 45            1       -1.858             1                 0                0
#> 46            1       -2.358             1                 0                0
#> 47            1       -2.158             1                 0                0
#> 48            1       -2.358             1                 0                0
#> 49            1       -2.258             1                 0                0
#> 50            1       -2.358             1                 0                0
#> 51            1        0.942             0                 1                0
#> 52            1        0.742             0                 1                0
#> 53            1        1.142             0                 1                0
#> 54            1        0.242             0                 1                0
#> 55            1        0.842             0                 1                0
#> 56            1        0.742             0                 1                0
#> 57            1        0.942             0                 1                0
#> 58            1       -0.458             0                 1                0
#> 59            1        0.842             0                 1                0
#> 60            1        0.142             0                 1                0
#> 61            1       -0.258             0                 1                0
#> 62            1        0.442             0                 1                0
#> 63            1        0.242             0                 1                0
#> 64            1        0.942             0                 1                0
#> 65            1       -0.158             0                 1                0
#> 66            1        0.642             0                 1                0
#> 67            1        0.742             0                 1                0
#> 68            1        0.342             0                 1                0
#> 69            1        0.742             0                 1                0
#> 70            1        0.142             0                 1                0
#> 71            1        1.042             0                 1                0
#> 72            1        0.242             0                 1                0
#> 73            1        1.142             0                 1                0
#> 74            1        0.942             0                 1                0
#> 75            1        0.542             0                 1                0
#> 76            1        0.642             0                 1                0
#> 77            1        1.042             0                 1                0
#> 78            1        1.242             0                 1                0
#> 79            1        0.742             0                 1                0
#> 80            1       -0.258             0                 1                0
#> 81            1        0.042             0                 1                0
#> 82            1       -0.058             0                 1                0
#> 83            1        0.142             0                 1                0
#> 84            1        1.342             0                 1                0
#> 85            1        0.742             0                 1                0
#> 86            1        0.742             0                 1                0
#> 87            1        0.942             0                 1                0
#> 88            1        0.642             0                 1                0
#> 89            1        0.342             0                 1                0
#> 90            1        0.242             0                 1                0
#> 91            1        0.642             0                 1                0
#> 92            1        0.842             0                 1                0
#> 93            1        0.242             0                 1                0
#> 94            1       -0.458             0                 1                0
#> 95            1        0.442             0                 1                0
#> 96            1        0.442             0                 1                0
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#> 102           1        1.342             0                 0                1
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#> 118           1        2.942             0                 0                1
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#> 121           1        1.942             0                 0                1
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#> 123           1        2.942             0                 0                1
#> 124           1        1.142             0                 0                1
#> 125           1        1.942             0                 0                1
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#> 142           1        1.342             0                 0                1
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#> 46                          0.000
#> 47                          0.000
#> 48                          0.000
#> 49                          0.000
#> 50                          0.000
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#> 77                          0.000
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#> 83                          0.000
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#> 85                          0.000
#> 86                          0.000
#> 87                          0.000
#> 88                          0.000
#> 89                          0.000
#> 90                          0.000
#> 91                          0.000
#> 92                          0.000
#> 93                          0.000
#> 94                          0.000
#> 95                          0.000
#> 96                          0.000
#> 97                          0.000
#> 98                          0.000
#> 99                          0.000
#> 100                         0.000
#> 101                         2.242
#> 102                         1.342
#> 103                         2.142
#> 104                         1.842
#> 105                         2.042
#> 106                         2.842
#> 107                         0.742
#> 108                         2.542
#> 109                         2.042
#> 110                         2.342
#> 111                         1.342
#> 112                         1.542
#> 113                         1.742
#> 114                         1.242
#> 115                         1.342
#> 116                         1.542
#> 117                         1.742
#> 118                         2.942
#> 119                         3.142
#> 120                         1.242
#> 121                         1.942
#> 122                         1.142
#> 123                         2.942
#> 124                         1.142
#> 125                         1.942
#> 126                         2.242
#> 127                         1.042
#> 128                         1.142
#> 129                         1.842
#> 130                         2.042
#> 131                         2.342
#> 132                         2.642
#> 133                         1.842
#> 134                         1.342
#> 135                         1.842
#> 136                         2.342
#> 137                         1.842
#> 138                         1.742
#> 139                         1.042
#> 140                         1.642
#> 141                         1.842
#> 142                         1.342
#> 143                         1.342
#> 144                         2.142
#> 145                         1.942
#> 146                         1.442
#> 147                         1.242
#> 148                         1.442
#> 149                         1.642
#> 150                         1.342
#> attr(,"assign")
#> [1] 0 1 2 2 2 3 3 3
#> attr(,"contrasts")
#> attr(,"contrasts")$Species
#>            setosa versicolor virginica
#> setosa          1          0         0
#> versicolor      0          1         0
#> virginica       0          0         1
#> 

# lm's default design matrix, which removes a reference category
model.matrix(lm(Sepal.Length ~ Petal.Length + Species + Petal.Length*Species, data = iris))
#>     (Intercept) Petal.Length Speciesversicolor Speciesvirginica
#> 1             1          1.4                 0                0
#> 2             1          1.4                 0                0
#> 3             1          1.3                 0                0
#> 4             1          1.5                 0                0
#> 5             1          1.4                 0                0
#> 6             1          1.7                 0                0
#> 7             1          1.4                 0                0
#> 8             1          1.5                 0                0
#> 9             1          1.4                 0                0
#> 10            1          1.5                 0                0
#> 11            1          1.5                 0                0
#> 12            1          1.6                 0                0
#> 13            1          1.4                 0                0
#> 14            1          1.1                 0                0
#> 15            1          1.2                 0                0
#> 16            1          1.5                 0                0
#> 17            1          1.3                 0                0
#> 18            1          1.4                 0                0
#> 19            1          1.7                 0                0
#> 20            1          1.5                 0                0
#> 21            1          1.7                 0                0
#> 22            1          1.5                 0                0
#> 23            1          1.0                 0                0
#> 24            1          1.7                 0                0
#> 25            1          1.9                 0                0
#> 26            1          1.6                 0                0
#> 27            1          1.6                 0                0
#> 28            1          1.5                 0                0
#> 29            1          1.4                 0                0
#> 30            1          1.6                 0                0
#> 31            1          1.6                 0                0
#> 32            1          1.5                 0                0
#> 33            1          1.5                 0                0
#> 34            1          1.4                 0                0
#> 35            1          1.5                 0                0
#> 36            1          1.2                 0                0
#> 37            1          1.3                 0                0
#> 38            1          1.4                 0                0
#> 39            1          1.3                 0                0
#> 40            1          1.5                 0                0
#> 41            1          1.3                 0                0
#> 42            1          1.3                 0                0
#> 43            1          1.3                 0                0
#> 44            1          1.6                 0                0
#> 45            1          1.9                 0                0
#> 46            1          1.4                 0                0
#> 47            1          1.6                 0                0
#> 48            1          1.4                 0                0
#> 49            1          1.5                 0                0
#> 50            1          1.4                 0                0
#> 51            1          4.7                 1                0
#> 52            1          4.5                 1                0
#> 53            1          4.9                 1                0
#> 54            1          4.0                 1                0
#> 55            1          4.6                 1                0
#> 56            1          4.5                 1                0
#> 57            1          4.7                 1                0
#> 58            1          3.3                 1                0
#> 59            1          4.6                 1                0
#> 60            1          3.9                 1                0
#> 61            1          3.5                 1                0
#> 62            1          4.2                 1                0
#> 63            1          4.0                 1                0
#> 64            1          4.7                 1                0
#> 65            1          3.6                 1                0
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#> 68            1          4.1                 1                0
#> 69            1          4.5                 1                0
#> 70            1          3.9                 1                0
#> 71            1          4.8                 1                0
#> 72            1          4.0                 1                0
#> 73            1          4.9                 1                0
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#> 111           1          5.1                 0                1
#> 112           1          5.3                 0                1
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#> 120           1          5.0                 0                1
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#> 122           1          4.9                 0                1
#> 123           1          6.7                 0                1
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#> 126           1          6.0                 0                1
#> 127           1          4.8                 0                1
#> 128           1          4.9                 0                1
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#> 132           1          6.4                 0                1
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#> 134           1          5.1                 0                1
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#> 136           1          6.1                 0                1
#> 137           1          5.6                 0                1
#> 138           1          5.5                 0                1
#> 139           1          4.8                 0                1
#> 140           1          5.4                 0                1
#> 141           1          5.6                 0                1
#> 142           1          5.1                 0                1
#> 143           1          5.1                 0                1
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#> 146           1          5.2                 0                1
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